Skotlannin ylämaassa, länsirannikolla ja sen edustalla olevilla Hebridien saarilla, joista suurimpia on Skye, on satojen vuosien ajan käytetty matalajalkaisia metsästyskoiria, terriereitä. Ne metsästivät ajueena kettuja, saukkoja ja mäyriä. Koirat keinottelivat itsensä louhikkoon tai luolaan otuksen taakse ja ajoivat sen esiin metsästäjän ammuttavaksi. Näistä luolakoirista polveutuvat skyen-, skotlannin-, cairn- ja valkoiset länsiylämaanterrierit.

"Lyhytkarvainen, pystykorvainen skyenterrieri" sai vasta 1910 oman rotunimensä cairnterrieri.  "CAIRN" on gaelin kieltä ja tarkoittaa kivilouhikkoa. Vuonna 1911 cairn sai omat luokkansa näyttelyihin Brittein saarilla.
 
Cairnterriereitä kasvatettiin aluksi lähinnä Skotlannissa, mutta pian se sai yhä suuremman suosion myös Englannissa. Rotu on erittäin suosittu paitsi Brittein saarilla myös Pohjoismaissa, Ranskassa, Hollannissa, Yhdysvalloissa, Kanadassa ja Australiassa. Suomessa cairnterrieri esiintyi näyttelykehässä ensimmäisen kerran vuonna 1933. Seuraava vuonna aloitti rouva Mannelin (kennel av Scandia) kasvatustyön englannintuontinartullaan. Vasta sodan jälkeen cairnterrierin kasvatus alkoi useamman kasvattajan voimin, koiria tuotiin mm. Ruotsista, Tanskasta ja Ranskastakin.

Eniten cairnterriereitä on sittemmin tuotu Englannista ja Ruotsista, jossa on vahva cairnkanta. 1960-luvulla cairneja rekisteröitiin noin 50 vuosittain, nykyään cairnterrieri on noussut yhdeksi suosituimmista terriereistä. Cairnterrierin vuosittaiset rekisteröintimäärät vaihtelevat n. 270-400 yksilön välillä.